《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。

　　农学博士发明了一颗超级萝卜，他把它锁在了营养舱里。可是粗心的博士却忘了开舱密码。萝卜不能长久呆在营养舱里，必须在30天内把它拿出来。能够开启营养舱的另一个方法是完成幻镜任务。所以，博士将这个任务交给了阿U和他的小伙伴胖仔、阿美和男人婆。可是以兔菲为首的三只兔子早就对萝卜垂涎三尺，它们抢走了幻镜。为了抢在兔子之前开启营养舱拿到萝卜，博士给了阿U等人另一台幻镜。孩子们和兔子们打开幻镜，不停得到任务指引：解密汉字拼音，得到下一个阶段任务地点方位；寻找七巧板，得到下一个任务地点方位；完成英语字母连接，得到下一个任务地点方位。兔子们会在阿U进行任务解析时捣乱，阿U也依靠自己的聪明才智，挫败兔子。于是，一场妙趣横生的对抗赛上演了。